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Una gran cantidad de lirio acuático cubre algunas zonas de la presa San José lo que podría complicar el proceso de potabilización del agua.
Al realizar un recorrido por la zona se pudo observar un alto porcentaje de lirio acuático que flota en el agua, específicamente en el área cercana a la cortina de la presa.
Algunos visitantes ven con asombro la cantidad de lirio que da al líquido almacenado en la Presa un color verde lo que se convierte en un atractivo para los paseantes.
Aunque para los visitantes a la presa San José el lirio acuático puede parecer algo atractivo, se ha informado que este tipo de vegetación de profundas raíces podría ocasionar contaminación del agua.
Se cree que la aparición de este vegetal se debe al almacenamiento constante de desechos alimenticios que los visitantes arrojan a los peces que se encuentran en la zona.
También se ha mencionado que el crecimiento desbordado de la planta se debe a la presencia de abundantes cantidades de desechos humanos provenientes del drenaje de Escalerillas, que no es tratado.
El lirio acuático es considerado también una plaga y en grandes cantidades, provocan que los cuerpos de agua pierdan oxigenación, porque impiden el paso de los rayos solares al fondo de los ríos, son perjudiciales principalmente porque son plantas que consumen mucha agua para su reproducción, y a la medida que crece, requiere más.