Durante siete temporadas dio vida al comandante de la nave Enterprise, un personaje que se distinguía por su capacidad para resolver conflictos mediante el diálogo y la diplomacia. Décadas después retomó el papel en la serie "Star Trek: Picard", transmitida entre 2020 y 2023.
En el año 2000 interpreto otro de sus personajes más conocidos: Charles Xavier, el profesor que dirige una escuela para jóvenes mutantes en "X-Men". Su interpretación lo acercó a una nueva generación de espectadores y lo llevó a compartir pantalla con Ian McKellen, quien interpretó a Magneto y se convirtió en uno de sus amigos más cercanos.
Stewart volvió a encarnar al personaje en distintas películas, entre ellas "Logan" (2017) y "Doctor Strange en el multiverso de la locura" (2022).
Fuera de estas franquicias, participó en producciones como "Dune" (1984), "Excalibur" (1981) y "A Christmas Carol" (1999), además de mantener su vínculo con los escenarios teatrales.
Interpretó al profesor Charles Xavier durante 22 años, desde el estreno de "X-Men" en 2000 hasta su última aparición en "Doctor Strange en el multiverso de la locura" (2022). Su trayectoria también le valió dos premios Laurence Olivier, un Grammy y nominaciones al Emmy, al Globo de Oro y al Tony.
En 2010, la reina Isabel II le otorgó el título de caballero por sus aportaciones al teatro, disciplina a la que dedicó buena parte de su carrera.
Su trayectoria también estuvo marcada por el activismo contra la violencia doméstica, una problemática que conoció durante su infancia. A través de distintas organizaciones, el actor apoyó iniciativas de protección a mujeres y menores.