Leon Goretzka anotó dos goles en el primer tiempo, el primero al aprovechar un rebote y luego tras un tiro de esquina.
"Era realemente importante arrancar la segunda mitad de la temporada con el pie derecho”, dijo Goretzka.
El Bayern ofreció una buena imagen en el primer partido de la liga alemana tras una pausa de casi cuatro semanas.
Hoffenheim, que dominó durante buena parte de la primera mitad, descontó mediante Nico Schulz a los 59 minutos.
Manuel Neuer, capitán y arquero del Bayern, también tuvo una intervención salvadora cuando a siete minutos del final evitó el empate al repeler un remate con aroma de gol de Adam Szalai
Lewandowski puso cifras definitivas a los 87 con su 11mo gol en la Bundesliga. El artillero polaco definió a placer tras recibir un centro de Thomas Mueller desde la derecha.
El adolescente canadiense Alphonso Davies, vendido por el Vancouver Whitecaps de la MLS por 22 millones de dólares este mes, se quedó en la banca del Bayern y deberá esperar para su debut liguero.
El Dortmund visitará a Leipzig el sábado.