El manejo administrativo y el desempeño del Sistema Educativo Estatal Regular (SEER) quedaron bajo observación, luego de que la auditoría a la Cuenta Pública 2024 revelara deficiencias organizacionales, metas incumplidas y áreas operando fuera de la normativa, particularmente en el seguimiento y evaluación de los programas presupuestarios.
De acuerdo con el informe de resultados de fiscalización, la entidad ejecutó un presupuesto superior a 2 mil 329 millones de pesos durante 2024; sin embargo, una parte importante de los indicadores del principal programa educativo —"Pp 01.06 Sistema Educativo Regular"— no alcanzó los objetivos previstos, pues 31 de 45 indicadores presentaron un cumplimiento inferior al 80 por ciento.