Con muy escaso volumen de agua, la presa San José se debate entre seguir suministrando el líquido necesario para potabilizar en la planta Los Filtros y a las redes de agua o dejar la poca que queda en el lugar para con ello evitar que el lirio acuático que ya invadió todo el espejo, dificulte la limpieza y tratamiento.
En época de frío crece el lirio acuático, pero en esta ocasión la planta ya invadió toda la superficie de agua.
El lirio se forma por la llegada de materia orgánica al vaso de captación de la presa, que retiene los escurrimientos producto de las lluvias y deja el terreno libre para la supervivencia de la vegetación.
Ese tipo de planta es común en zonas donde hay materia orgánica en el subsuelo o contenida en la propia agua, tal y como ocurre en la zona de almacenamiento del Tanque Tenorio, que por décadas se ha convertido en el depósito de las aguas residuales de la zona urbana del lado sur del río Santiago.
La zona de Escalerillas y Mesa de los Conejos, que forman parte de la serranía que escurre hacia la cuenca del Río Santiago, es una parte del abastecimiento de agua hacia la presa San José. Sin embargo, poco a poco se ha poblado de gente que no solo realiza sus actividades agrícolas, sino también mantiene sus asentamientos tales como vivienda y negocios.
Las aguas residuales también escurren a la cuenca del Río Santiago, y afectan a la presa San José, que recibe la materia orgánica y facilita la reproducción rápida del lirio acuático.